Razvoj računalniških algoritmov za simulacije molekulske dinamike makromolekul / Computer Algorithm Development for Molecular Dynamics Simulation of Macromolecules

(SI) Cilj predlaganega raziskovalnega projekta je povečanje natančnosti in učinkovitosti obstoječih algoritmov za simulacije molekulske dinamike makromolekularnih sistemov. Nameravamo izpeljati nove metodološke rešitve za napovedovanje in preučevanje proteinskih vezavnih mest, ki temeljijo na pristopih teorije grafov, matematične kemije, v povezavi z metodami za simulacijo molekulske dinamike. Eden izmed ciljev projekta je združitev spletnega strežnika ProBiS z metodami molekulske dinamike v novo spletno orodje, ProBiS-ATLAS: Atlas proteinskih interakcij za napovedovanje genskih variacij, povezanih z interakcijami z zdravili in razvojem bolezni. Novo spletno orodje bo združevalo dve med seboj zelo različni področji, to je teorijo grafov in molekulsko dinamiko, ki sta naši glavni raziskovalni temi že vrsto let.
(EN) The goal of the proposed research is to introduce new improvements in molecular dynamics simulation of macromolecules that increase the accuracy and efficiency of present-day simulation approaches. Our goal is to develop new methodological solutions for prediction and study of protein binding sites, based on graph theoretical approaches, combined with molecular dynamics simulations. One of the goals of this project is to combine ProBiS web server with molecular dynamics methods into a new freely available web tool: ProBiS-ATLAS: Protein interaction atlas for prediction of genetic variations involved in drug interactions and disease development enabling the discovery of molecules, relevant to pharmaceutical research.